Neo, Morpheus, Trinity và các đồng sự còn lại của mình tiếp tục cuộc chiến với những người nổi dậy của đế chế máy móc. Giờ đây ngày càng nhiều có nhiều con người được đánh thức khỏi ma trận và họ cố gắng để trở về với cuộc sống thực của mình. Và mặc dù ngày càng nhiều người được trở về với thực tại bọn người máy vẫn nổi dậy và cuộc chiến đã diễn ra tại thành phố Zion, thành phố duy nhất mà sự sống của loài người còn tồn tại.
Lấy bối cảnh từ cuộc chạm trán đầu tiên giữa tộc Orcs và con người, đại diện là hai nhân vật chính gồm Thống soái Lothar - một trong những chiến binh vĩ đại nhất của loài người, là cánh tay phải đắc lực cho nhà vua Lane Wrynn, Durotan - người lãnh đạo tộc Orcs
Một nhà sinh vật học phân tử và đối tác trong phòng thí nghiệm của mình phát hiện ra bằng chứng cho thấy có thể thay đổi những đặc điểm cơ bản của xã hội mà chúng ta đang có.
William Danville nhà vật lý năng lượng hàng đầu của Mỹ, nghiên cứu dự án về năng lượng phục vụ nhân loại, nhưng Lầu Năm Góc muốn sử dụng vào mục đích quân sự, nhưng ông cương quyết bác bỏ và bị tống giam vào tù. Dự án tiếp tục được triển khai, dưới áp lực và thiếu năng lực của Bộ trưởng Quốc phòng, ông đã cho thử nghiệm quá sớm đã gây nên một cơn địa chấn kinh hoàng khắp toàn cầu, một luồng plasma từ mặt trời phóng xuống đốt cháy, phá hủy tất cả mọi vật trên trái đất, đất đai đồi núi sụp lở,
Một vụ phun trào núi lửa tại Los Angeles đã vô tình phóng thích một bầy nhện khổng lồ phun lửa.