Cốt truyện xoay quanh Kaga Ryosuke một nam sinh trung học co đầu óc đen tối. Một ngày nọ anh gặp một cô gái xinh đẹp tên Lisara Restall đứng dưới mưa một mình và Ryosuke quyết định giúp cô nhưng sau đó anh mới biết cô là một tử thần người đang thực hiện nhiệm vụ là tìm một người đặc biệt và cô đã lập giao kèo với anh bằng việc đâm một thanh kiếm ma thuật vào Ryosuke
30 năm sau UC 0153, giờ đây là thời điểm cuộc chiến giữa Liên Bang Trái Đất và Crossbone Vanguard. Phe Liên Bang đang dần yếu thế trước dã tâm xâm lược Trái Đất của Đế chế Zanscare. Chỉ có tổ chức League Militaire đứng lên tham chiến bằng vũ khí bí mật của họ, Victory Gundam.
MARS RED diễn ra vào năm 1923 và lúc này, ma cà rồng (vampire) đã tồn tại được rất lâu. Nhưng bây giờ, số lượng vampire đang gia tăng nhanh chóng và một nguồn máu bí ẩn có tên là Ascra đã xuất hiện.
Heron, một thường dân ở Hy Lạp cổ đại, khám phá ra di sản đích thực của mình với danh phận là con trai của Zeus cùng lẽ sống: cứu thế giới khỏi đội quân quỷ dữ.
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu