Truyện kể về Ais trong hành trình tìm kiếm sức mạnh ở Dungeon cùng với các bạn của cô ấy. Sword princess Aiz Wallenstein. Today, once again, the strongest female swordsman heads to the giant labyrinth known as the "Dungeon" along with her allies.
sau khi Sau Gravion đã có thể sử dụng tuyệt chiêu của nó, là mối đe dọa Zeravire dường như có tạm thời dừng lại. Tuy nhiên khi nó tăng trở lại lên tất cả của một đột ngột, Gult Trái đất và con át chủ bài của mình, các siêu Robot Choujuushin Gravion, là cần thiết để bảo vệ thế giới này một lần nữa
Trong thế kỷ thứ 25 , một tàu vũ trụ chở 300 người rời khỏi trái đất để tìm kiếm hành tinh mới trong hệ mặt trời , nhưng một tai nạn bất ngờ xảy ra . Họ đâm vào một hố đen được kết nối với một vũ trụ khác . Những người trên tàu, bị hút tới một hành tinh gọi là Ismo . Câu chuyện bắt đầu 12 năm sau khi họ đã ở lại Ismo 12 năm
Nhóm Takuya đanh trên chuyến hành trình của mình thì bị lạc đến Đảo Lang Thang. Khi Takuya, Tomoki, Junpei,, Bokomon và Neamon tỉnh lại thì gặp được Kotemon. Ngay lúc đó, các Digimon tộc thú được lãnh đạo bởi Hippogriffomon đến tấn công tộc người do Darrcmon lãnh đạo.
Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS". "7SEEDS" được thành lập nhằm lưu giữ và duy trì con người phòng trường hợp cả nhân loại bị tuyệt diệt sau cú va chạm giữa thiên thạch và Trái Đất