Truyện kể về cô học sinh Ryuuko Matoi đang trên đường tìm sự thật về cái chết của bố mình. Cô đã chuyển đến học viện Honnouji đang được nắm trùm bởi chị hai Satsuki Kiryuuin của hội học sinh. Trong tay là thanh kiếm kéo - thứ vũ khí đã được dùng để giết bố mình, cùng ngượi trợ thủ bí ẩn là một bộ đồng phục thủy thủ vừa mới gặp, liệu Ryuuko sẽ vượt qua được ải
Cốt truyện của Gundam X nói về thời đại sau cuộc chiến tranh giành độc lập của các Colony, khi con người phải cố gắng tồn tại trong một thế giới bị ô nhiễm nặng nề vì hậu quả của cuộc chiến. Thế giới khắp nơi loạn lạc, các nhóm thu gom phế liệu Vulture nổi dậy. Và câu chuyện bắt đầu khi lời đồn về Newtype - những người được cường hóa sóng não trong thời chiến - trở lại, và sự xuất hiện của kẻ hủy diệt năm xưa: Gundam X. Gundam X lấy hệ thời gian là After War, và thời điểm bắt đầu là After War
Trở thành Thiên Long để bảo vệ hiện tại, hay đứng đầu Địa Long để huỷ diệt với mong mỏi một sự thay đổi cho Địa cầu - quyết định của Kamui sẽ là chìa khoá mở cửa tương lai. Nhưng dù lựa chọn bên nào, cuối cùng Kamui vẫn phải đối đầu với người cậu yêu thương nhất. Bảy Thiên Long, bảy Địa Long, mười bốn cuộc đời được sắp đặt để gặp nhau trong vòng quay định mệnh. Chiến đấu vì cái gì? Số phận đã được định đoạt hay chưa? Vì sao không được giết con người? Và tương lai liệu có phải là điều không thể
Trong số những người ở xung quanh chúng ta như thủ lĩnh, nhà khởi nghiệp, siêu sao nổi tiếng, thần đồng... - có những người không cần phải mất nhiều công sức nhưng vẫn thành công, họ được gọi là thiên tài. Nhưng những thiên tài này đều có một điểm chung, họ đều sở hữu một "thứ gì đó", một bí mật mà họ không thể nói cho những người bình thường biết.
Makunouchi Ippo là một học sinh Trung Học bình thường ở Nhật Bản. Kể từ khi cậu dành hết thời gian học tập ở trường để phụ giúp mẹ của cậu ấy trong việc kinh doanh của gia đình cậu đã không có được một tuổi thơ như bao người bạn đồng trang lứa khác. Cậu luôn là mục tiêu bị bắt nạt ở trường (Công việc kinh doanh của nhà cậu liên quan đến đánh bắt cá, nghề này có một mùi đặc trưng), cuộc sống của Ippo luôn gặp phải những sóng gió.