Mẫu Vật Còn Lại bắt đầu bằng việc lý giải nguồn gốc của nhân vật Goo Ja Yoon (Kim Da Mi) trong phần đầu và nhân vật mới Cynthia (Shin Si Ah) sẽ dẫn dắt mùa này, đồng thời giới thiệu một loạt những nhân vật mới bao gồm Jang (Lee Jong Suk) người của tổng cục
Gordon Dunn, một nhà khoa học tiên phong danh tiếng, qua đời một cách bí ẩn sau khi hé lộ về công trình mới nhất của mình – một thiết bị đột phá cho phép trích xuất, ghi chép và tái hiện những ký ức chưa qua sáng lọc của một người. Một người đàn ông bí ẩn xuất hiện, với nhứng động cơ đáng ngời, lấy đi chiếc máy, bắt đầu một cuộc điều tra dẫn anh ta tới những nơi nguy hiểm và không ngờ tới.
Sau khi quân đội Mỹ bắn hạ một UFO trong năm 1947, một đội quân tinh nhuệ được đào tạo bí mật để đối phó với lo sợsẽ có một cuộc tấn công của người ngoài hành tinh. Tuy nhiên, sự lo ngại đó không còn theo thời gian và các lực lượng tinh nhuệ đã bị giải tán. Nhưng sáu mươi năm sau vụ bắn hạ chiếc UFO, người hành tinh đang xâm nhập tấn công trái đất và phải cầu cứu đến những chiến binh kỳ cựu.
Nữ Thần Chiến Binh sẽ lấy bối cảnh năm 1984, khi Mỹ và Liên Xô đối đầu trong thời kỳ Chiến tranh Lạnh. Đặc biệt cũng hé lộ sự trở lại bí ẩn của Steve Trevor – người đã hy sinh anh dũng nhằm ngăn chặn kế hoạch phát tán chất độc của Đức quốc xã.
Năm 2013, có một điều gì đó kinh khủng đã xảy ra tại Triển lãm Quốc Gia tại London. Năm 1562 có một vụ giết người đã xảy ra vào thời nữ hoàng Elizabeth, và trong mớ không-thời gian đó, mộ cuộc chiến vẫn âm thầm diễn ra và đang đi đến kết thúc.