Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
Bối cảnh diễn ra Rail Wars là tại một thế giới song song, nơi mà Nhật Bản không tư nhân hóa ngành đường sắt quốc gia. Naohito Takayama – một cậu học sinh trung học bình thường với mơ ước được làm việc cho Cục đường sắt quốc gia. Cậu được chỉ định vào nhóm thực tập sinh thuộc Lực lượng Bảo an Đường sắt. Trong nhóm còn có Aoi Sakurai, một cô nàng kỳ quái rất ghét con trai. Ngay trong ngày đầu chuyển đến, Naohito đã đụng độ với một nhóm cực đoan tự xưng là “RJ” luôn âm mưu tư nhân hóa ngành đường
Vào 1863 khi kỷ nguyên samurai rối ren sắp chấm dứt, Nhật Bản bị chia rẽ giữa các phe phái ủng hộ và thống trị phiến quân. Số phận của thế giới bị đe dọa như là một đội quân của các nhà cải cách lịch sử được gửi từ tương lai để thay đổi quá trình lịch sử
Vào những năm đầu thời Chính Hóa (một thời đại giả tưởng), để ngăn chặn những "thông tin độc hại có thể gây ảnh hưởng xấu tới xã hội", Đạo Luật Cải Thiện Văn Hóa Phẩm đã được chính phủ Nhật thông qua, cho phép Hội Đồng Cải Thiện thả sức tiêu hủy các ấn phẩm mang nội dung gây bất lợi cho họ. Để bảo vệ quyền tự do của mình, các thư viện đã tự vũ trang, thành lập Lực Lượng Thư Viện. Mâu thuẫn giữa hai bên càng lúc càng leo thang.
Ngay trước chiến tranh thế giới thứ 2, Kasumi Kenshiro thuê một giáo sư khá im lăng và hay đãng trí để dạy văn học cho một trường cao đằng nữ sinh nhỏ ở Tokyo. Từng là tông sư đời thứ 62 của Hokuto Shinken " Thần quyền của sao phương Bắc" và có được Yan Wang là danh hiệu"Vua cái chết" và người gìn giữ hòa bình ở "thành phố ác quỷ".