Câu chuyện kể về hai đứa trẻ 14 tuổi ( Rokuro và Benio). Trong một thế giới đầy rẫy những lũ tạp thể có thể xuất hiện ở bất cứ đâu để hại người thường. Bảo vệ con người khỏi sự tàn bạo của chúng là nghĩa vụ của các thầy pháp.
Sau sự sụp đổ của tổ chức Museum, tuy việc sản xuất và phân phối Gaia Memory, thiết bị cho người sử dụng khả năng biến thành quái vật với sức mạnh to lớn, đã bị ngưng lại. Dù thế nhưng các Gaia Memory còn sót lại vẫn được bán tại chợ đen và tiếp tục gây ra những hiện tượng kì lạ cho thành phố Fuuto.
Mushishi là một anime của Nhật kể về cuộc hành trình theo dấu chân Ginko, một Mushishi, đi ngao du từ nơi này đến nơi khác để tìm hiểu, nghiên cứu và giúp đỡ những người gặp vấn đề với Mushi (hay còn gọi là "trùng”, một dạng sống khởi nguyên, những sinh vật xa lạ, không hề giống với bất kì loài động thực vật nào, có loài có hại, có loài vô hại và cũng có loài cực kì nguy hiểm). Mỗi tập phim là một câu chuyện khác nhau kể về hành trình tiêu diệt các Mushi của Ginko, đầy màu sắc huyền bí và ảo ảo
Câu truyện xoay quanh cậu bé Sakurai Tomoki, cậu được anh senpai Sugata Eishirou và người bạn từ thuở nhỏ Mitsuki Sohara rủ đi xem vật thể lạ bay ngang bầu trời thị trấn vào lúc nửa đêm. Nhưng rốt cuộc chỉ có mình Tomoki đến và rồi từ trên trời rơi xuống là một Thiên Thần tên Ikaros. Cô ấy ràng buộc với Tomoki ngay sau khi thức tỉnh bằng sợi xích và có thể thực hiện bất cứ điều ước nào của cậu ta.
Một ngày nọ, cậu học sinh cao trung mê game, cuồng kẹo Shiroyanagi Akira bị kéo vào một trận chiến bởi một cô gái bí ẩn tự xưng là Mion. Những người tham gia được thông báo rằng họ đã "bị xóa tên khỏi hộ khẩu gia đình, tham gia vào một thí nghiệm và được ban sức mạnh đặc biệt.