Percival sống cùng người ông tại một hòn đảo xa xôi lở lửng trên không trung được gọi là "Ngón tay của thần". Tuy nhiên vào sinh nhật lần thứ 16, một biến cố đã diễn ra. Và cậu ấy đã chuẩn bị để bắt đầu cuộc hành trình mới dài đằng đẵng.
Ryza là một cô gái bình thường. Mệt mỏi với cuộc sống làng quê buồn tẻ, cô trốn khỏi làng để tụ tập với những người bạn tốt của mình tại một địa
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Truyện kể về nhân vật Tsukumo Yuma là thần bài trong tương lai, kế thừa sự nghiệp của 3 đàn anh đi trước như Muto Yugi; Yuki Judai; Fudo Yusei. Yuma là 1 cậu bé vụng về, hậu đậu nhưng có 1 ý chí khiến mọi fan xem yu-gi đêề khăm phục đó là luôn muốn “Chinh phục được bầu trời cao”. Trước sự thử thách vô cùng lớn đó Yuma cùng với 1 người bạn của anh là Astral ( Người có liên quan đến những lá bài Numbers) sẽ có đi đến được chân trời xanh không?
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.