The Japanese Ministry of Defense has an anti-paranormal special forces group called the Supernatural Disaster Prevention Office. They are the ones responsible to protect Japanese soil and its people from supernatural and paranormal events. However, things didnt go so well in one of their missions..
Nakajima Atsushi bị tống cổ ra khỏi trại trẻ mồ coi, đang trên bờ vực của cái chết khi thì quyết định đi cướp để tự cứu sự sống của mình nhưng cậu đã vướng vào rắc rối khi cứu đc thánh cuồng tự tử -Dazai Osamu, để rồi biết anh ta và cộng sự của anh ta là Kunikida là thành viên của một tổ chức "đặc nhiệm thám tử". Họ là những người sở hữu năng lực vượt ngoài tầm của nhân loại.
Vào thời Minh Trị, khi Nhật Bản đang bắt đầu thay đổi, có một nhóm Youjin (Quỷ Nhân) cũng đang ra sức thay đổi quan niệm của con người về họ. Liệu Quỷ Nhân có thật sự đáng sợ và gieo rắc kinh hoàng cho con người? Hay họ cũng giống như chúng ta, cũng có quỷ tốt và quỷ xấu?
Maebara Keiichi chuyển đến sống tại làng Hinamizawa thanh tịnh và nhập học vào một ngôi trường tổng hợp tất cả các khối lớp. Cậu là thành viên nam của một clb toàn nữ. Tưởng chừng như đó là một cuộc sống học đường đầy niềm vui, Keiichi vô tình phát hiện ra một sự thật thần bí bị che đậy bởi bạn bè cậu và ngôi làng. Vụ giết người hàng loạt Hinamizawa.
Sau khi đánh thức sức mạnh của Huyết Thánh Nữ, Tamaki và các Hộ Thần cuối cùng phong ấn thành công Onikirimaru. Tuy nhiên, cơ thể của Takuma lại bắt đầu thay đổi bởi dòng máu Quỷ Đế chảy trong huyết quản của mình. Trong khi mối quan hệ giữa những Hộ Thần vẫn còn đang căng thẳng, Logus lại tiếp tục hành động.