Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt. Đối với các quốc gia, sự tồn tại của con người này chính là những vũ khí mạnh mẽ.
bối cảnh tại Lục địa Naral – nơi pháp thuật, kiếm sĩ, con người và quái vật cùng tồn tại. Qủy Vương cũng sống ở đó. Trong thời cổ đại, thế hệ anh hùng đầu tiên đã đánh bại Qủy Vương. Qua nhiều thế hệ tiếp đó, Qủy Vương đã được hồi sinh buộc các anh hùng một lần nữa phải xuất hiện
Bầu trời mùa hè trong vắt trải rộng khắp trường trung học nữ sinh Hoshinomiya. Câu chuyện này bắt đầu cuộc sống học sinh của Hinako Shirai, người vừa mới hồi phục sau một vết thương ở chân do một tai nạn. Hai chị em phép thuật Yuzu và Lime đã ban cho cô một sức mạnh đặc biệt để trở thành một "Người phản chiếu".