Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt. Đối với các quốc gia, sự tồn tại của con người này chính là những vũ khí mạnh mẽ.
Fairilu là nàng tiên của hoa, côn trùng, nàng tiên cá, hoặc các thực thể khác được sinh ra từ "Hạt Farilu". Tất cả Fairilu được sinh ra với chìa khóa riêng của họ, và họ phải tìm kiếm để tìm và mở cánh cửa chỉ phù hợp với chìa khóa của họ. Khi Fairilu đi qua cánh cửa, họ trưởng thành. Các cánh cửa cũng liên quan đến thế giới con người.
Câu chuyện bắt đầu với sự xuất hiện của một nhà pháp sư đại tài, người đã nhiều lần giải cứu thế giới của ông thoát khỏi tai vạ bằng pháp thuật của mình. Một ngày nọ, vị pháp sư ấy tình cờ nhặt được một đứa bé, ông quyết định nhận nuôi nó và đặt tên đứa bé ấy là Shin.
Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.
Cốt truyện xoay quanh cậu học sinh Aono Tsukune học kém, thi trượt cấp III. Bỗng nhiên một ngày đẹp trời bố cậu "may mắn" nhặt được một lá đơn nhập học và cậu đã đến học tại Học viện Youkai. Thật không may đây lại là trường học dành cho yêu quái. Ngay ngày đầu đến trường Tsukune đã gặp và có cảm tình với một cô gái xinh đẹp tên là Moka - một nữ Vampire. Cuộc đời và số phận Tsukune chuyển qua một bước ngoặt mới. Thay vì tìm cách thoát khỏi ngôi trường đáng sợ, Tsukune quyết định ở lại theo học