Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Vào năm UC 79, con người sống trên các colony không gian gọi là side. Side 3, công quốc Zeon, đã phát động chiến tranh với Liên Bang Trái Đất. Sau những trận đánh ko cân sức , 8 tháng dài vào thế kẹt.
Được chuyển thể từ game của Square Enix Deep Insanity lấy bối cảnh ở một nơi đầy dịch bệnh. Rất nhiều người nơi đây đã bị hôn mê đột ngột vì “hội chứng Randolf” bí ẩn. Và khu vực Asylym nằm ở Nam cực chính là “khởi nguồn” của đại dịch.
Sau một thời gian lâu dài, cuộc chiến của con người và Gauna - sinh vật ngoài hành tinh, tưởng như đã đến hồi kết. Nhưng giờ đây nó đã trở lại, cuộc chiến lại tiếp tục bắt đầu.
Makoto Mizuhara đang thực hiện thí nghiệm mới nhất của mình trong phòng thí nghiệm khoa học của trường, nhưng khi anh ta nghỉ giải lao, đối thủ trọn đời của anh ta, Katsuhiko Jinnai xuất hiện và cố gắng phá hủy thiết bị và làm mất uy tín của Makoto