Liones Yelistratova một cô công chúa từ một đất nước nhỏ, vào một trường học ở Hokkaido vào mùa xuân. Trường có một tổ chức giáo dục chuyên biệt do ALCA điều hành để đào tạo các nhà Logicalist, những người duy trì hòa bình thế giới. Liones bước vào lớp S, nơi cô gặp nhiều bạn cùng lớp với những tính cách độc đáo, như Nina.
diễn ra ngày 22 tháng 11 năm 2010 mười tên lửa tấn công Nhật Bản. Tuy nhiên, hành động khủng bố này chưa từng có, sau này được biết đến như là “Careless thứ hai,” không dẫn đến bất kỳ nạn nhân rõ ràng, và mau chóng bị lãng quên bởi hầu như tất cả mọi người.
Sau 3 tháng kể từ khi Yokohama rơi vào tình trạng hỗn loạn, quán cà phê cũng đã trở lại bình thường. Nice thì bị Art bắn, và nhóm 2 người do Hajime và Murasaki lập nên, lại tiếp tục công việc trinh thám.
Câu chuyện xoay quanh Yukiya, "có lẽ 14 tuổi". Cậu ta đã dành hầu hết thời gian của mình để chơi DJ. Do ảnh hưởng từ cha nên cậu đã nghe nhạc từ khi còn nhỏ và thường đăng tải những video lên mạng trực tuyến. Cậu luôn muốn truyền đạt "một thứ gì đó" cho "ai đó".
English: Ghost in the Shell: Stand Alone Complex 2nd GIG. Synonyms: Koukaku Kidoutai S.A.C. 2nd GIG, Ghost In The Shell S.A.C. 2nd GIG. Japanese: 攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG