Giải đấu bóng đá trẻ toàn thế giới, Football Frontier International Version (FFIV2) được tổ chức, và Inazuma Japan đã được thành lập. Tuy nhiên, các đại diện của Nhật Bản là các cầu thủ tuyển chọn chưa được thấy thi đấu bao giờ, và đây là "đội tuyển sẽ đại diện Nhật Bản" thi đấu với các đội tuyển thế giới!?
Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
The Kingdom of Arandas Alliance and the Countries Unification of Ingelmia have been at war for many years. The situation has been at a stalemate across the fortress of the Great Wall, which has never been penetrated since the foundation of Arandas. The gate to the fortress has remained firmly closed, but when it creaks open, the complexity of war starts to change dramatically.
Reki, một nam sinh cao trung năm hai yêu thích lướt ván và bị cuốn vào “S”, một cuộc đua trượt ván ngầm và nguy hiểm ở một khu mỏ bỏ hoang không có luật lệ. Ranga, người trở về Nhật Bản từ Canada và chưa bao giờ lướt ván trước đây cũng đã bị cuốn vào cuộc chơi “S” cùng với Reki.
Kazuki một anh chàng có khả năng nhìn thấy những hình ảnh của các robot đánh nhau và viết lại thành một trang wed vì vậy cậu ta luôn bị xem là một kẻ lập dị.