Hayate, một cô bé bị liệt đôi chân đã tình cờ được chọn là chủ nhân của Quyển Sách Bóng Đêm. Nó sẽ dần ăn mòn cơ thể cô bé nếu 666 trang sách không được lấp đầy bởi pháp lực của những pháp sư khác. 4 hộ vệ của cô bé, những chiến binh Belka, vì muốn cứu chủ nhân nên đã giấu cô bé đi thu thập những trang sách.
Những Sorcerer Hunter (Thợ săn phù thủy) được thành lập trên lục địa Spooner, tại đây dân cư được chia thành 2 nhóm, nhóm sử dụng được phép thuật và nhóm không sử dụng được phép thuật. Sorcerer Hunter được thành lập để bảo vệ những người không sử dụng được phép thuật.
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.
Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.
Con người đã tạo ra nhiều câu chuyện. Niềm vui, nỗi buồn, tức giận, cảm xúc sâu sắc. Câu chuyện cảm xúc của chúng tôi, và làm chúng tôi say mê. Tuy nhiên, đây chỉ là ý nghĩ của người ngoài cuộc. Nhưng nếu những người trong câu chuyện có "ý định"?