Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Những hang động khổng lồ, được gọi là Thung lũng, là nơi duy nhất chưa được khám phá trên thế giới. Không ai biết khi đi sâu xuống qua các hố khổng lồ nơi có những sinh vật kỳ lạ và kỳ diệu và đầy những di tích cổ kính bí ẩn mà người ta không biết đến ở thời hiện đại này.
Hành tinh Endless Illusion huyền bí nằm đâu đó trong vũ trụ, là thiên đường cho bọn cướp, là địa ngục với những người tốt. Trên hành tinh đó, Van - người sở hữu một trong những Armor mạnh nhất - đang trên đường đi tìm kẻ thù của mình
Vào năm 2045, sau một thảm họa kinh tế được gọi là Mặc định toàn cầu được đồng bộ hóa, sự phát triển nhanh chóng trong AI đã thúc đẩy thế giới bước vào trạng thái của Cuộc chiến bền vững. Tuy nhiên, công chúng không nhận thức được mối đe dọa mà AI có đối với loài người.
Trong bối cảnh mà các nhà phát triển game lẫn game thủ chỉ quen thuộc với những thể loại kinh điển như chiến thuật (RTS), bắn súng (FPS), game mô phỏng thể thao,... thì Shenmue đã mang đến những định nghĩa và khái niệm mang tính đột phá