Từ rất xa xưa, có một vị kiếm khách chính nghĩa được gọi là dũng sĩ đã trải qua bao cuộc chiến đấu với ma vương để giải thoát con người khỏi những đau khổ. Vị dũng sĩ và những người bạn sau khi cùng nhau liên kết sức mạnh, vượt qua rất nhiều trận đấu cam go. Cuối cùng ma vương cũng đã bị đánh bại
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Thế giới bị bao trùm bởi một căn bênh dịch chết người ,nó biến người ta trở thành xác chết biết đi. Tại Nhật một số học sinh và cô y tá trường trung học Fujimi cùng nhau vượt qua chiến đấu chống chọi với cơn dịch này.
Các vị thần đã xuất hiện khi nhân loại đang trên bờ vực diệt vong bởi những gì mà lũ quỷ đã làm với Trái Đất. Các vị thần đó được gọi là “Idaten” đã chiến đấu và phong ấn lũ quỷ dữ đó cách đây 800 năm.
Nakajima Youko is your average somewhat timid high school student. One day, a strange man named Keiki appears before her, swearing allegiance. Before she could properly register what was happening, demon-like creatures attack Youko and her friends, after which they are pulled into a different world. A world unlike what she has ever known. Separated from Keiki, Youko and her friends must do whatever they can if they wish to survive in this new world.