Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.
Câu chuyện trong phim xoay quanh cô thiếu nữ Akko Kagari và những người bạn ở Học viện Ma pháp Luna Nova, qua đó khám phá một thế giới phù thủy đầy màu sắc và độc đáo
Hanasaki Tsubomi là một nữ sinh lớp 8 thích hoa và cây cối. Một ngày nọ cô ấy mơ một giấc mơ kỳ lạ. Trong giấc mơ đó, một cây to đầy bông đã xuất hiện. Đột nhiên nó mất tất cả hoa và một nàng tiên xuất hiện.
Đây là Serie thứ 4 sau 3 Serie trước là " Magical Girl Lyrical Nanoha " , " Magical Girl Lyrical Nanoha As " và " Magical Girl Lyrical StrikerS " ... Phần 4 này sẽ tập trung vào cô bé Vivio Takamachi trong việc tiếp nối truyền thống cũa 2 Mama là " Fate Testarossa " và " Nanoha Takamachi " , " Không đánh nhau thì không phãi là bạn "