Được thiết lập vào thời điểm chiến sự, bối cảnh ở Tây Âu. Eleonora Viltaria, một trong 7 Vanadis của Zhcted, dẫn dắt cuộc chiến chinh phục Brune. Có 7 Vanadis được đặt tên như vậy là vị họ nhận được một vũ khí mạnh mẽ từ loài rồng, mỗi người họ nắm giữ một vùng lãnh thổ, họ gieo rắc nỗi sợ cho những quốc gia thù địch.
CLB Robot của trường Chuuoutanegashima đang đứng trước nguy cơ giải tán. CLB chỉ có 2 thành viên là Kaito Yashio, 1 nam sinh chỉ chăm chỉ chơi game đối kháng robot, và ko quan tâm đến CLB. 1 nữ sinh ăn hại, táo bạo có tên Akiho Senomiya, muốn hoàn thành chế tạo 1 con robot. 1 ngày kia Kaito phát hiện ra 1 bản báo cáo viết về A.R, trong này còn có 1 bản cáo trạng về âm mưu của người có tên Kou Kimishima.
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Nhân vật chính Kiba là Zed, 1 cậu bé 15 tuổi sống tại nơi được gọi là "Calm". Cậu ấy cảm nhận được có nơi khác phù hợp với cậu hơn. Và vào 1 ngày nọ, cậu được 1 làn gió bí ẩn đưa vào thế giới khác, nơi mà các pháp sư gọi là "Ngọc Sư" triệu hồi các Tinh Linh để chiến đấu.
Câu chuyện bắt đầu khi cậu bé Shindou Hikaru tình cờ đến nhà ông nội và bắt gặp 1 chiếc bàn cờ vây cổ, không ai nhìn thấy vết máu trên bàn cờ ngoài cậu. Sau đó, cậu đã gặp Fujiwara no Sai, 1 kỳ thủ cờ vây đến từ thời đại Heian, vốn là 1 người dạy cờ vây cho nhà vua, nhưng bị 1 người dạy cờ khác ganh ghét hãm hại, nên bị đuổi khỏi thành.