câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Khi chiến thắng một giải đấu và được trao vương miện chiến binh mạnh nhất thế giới, Peter Grill đã phát hiện ra nhược điểm trong sự nổi tiếng của mình
Hành trình đi thu thập tử thi của Loạn Phá Sư Huynh Muội và Quan Tài Công Chúa. For 500 years, the Taboo Emperor, Arthur Gaz, ruled the Gaz Empire with an iron fist and conducted inhumane experiments on his own people. But his reign came to an end five years ago, when mighty warriors—later known as the Eight Heroes—defeated him in a battle for the capital.
Giờ là năm 2577, con tàu có người lái đầu tiên đã đáp xuống Sao Hỏa với 6 phi hành gia được đưa đến để làm nhiệm vụ. Nhưng tất cả những gì họ thấy được là Những con Gián đột biến hình người với sức mạnh kinh hồn. Họ đã bị giết sạch, tuy nhiên, họ đã gửi được tín hiệu về Trái Đất. Giờ đây, con người đã đưa các chiến binh ưu tú nhất để diệt gọn đám bọ đột biến và giành lại Sao Hỏa.
Những ai sở hữu được Shinrabanshou sẽ là Vua của Nabari, là người sẽ lập nên luật lệ mới cho Nabari. Cũng vì lẽ đó, cậu bé Rokujo Miharu rơi vào cảnh bị săn đuổi. Có người muốn lợi dụng Shinrabanshou trong người cậu, có người lại muốn bảo vệ cậu khỏi những kẻ săn đuổi và cả chính tri thức nguy hiểm đó. Đến với Nabari no Ou, bạn sẽ cảm nhận thế giới của ninja được ẩn sau sự tĩnh lặng của thế giới bình thường.