Đất nước của những Samurai. Có một thời đất nước chúng tôi được gọi như vậy. 20 năm trước… Những kẻ ngoài hành tinh tự xưng là Amanto đột ngột đổ bộ xuống và thiết lập lệnh cấm mang kiếm. Samurai giờ đây bị khinh rẻ, coi thường. Trong thời đại như thế, vẫn còn một người đầy tinh thần samurai. Tên anh ta là Sakata Gintoki.
Hakuo gakuen, học viên tiếng tăm về thể dục thể thao, đang suy tàn vì phải đối đầu với trường Seishikan hèn nhát nhưng lại thu hút những học sinh xuất sắc. Để đối mặt với cuộc khủng khoảng này, trưởng nhóm học sinh Hakuo cầu cứu phe Fuma ninja. Bên Fuma gửi Kojiro đến Hakuo để gặp mặt phe Yasha hiện đang đối đầu với Seishikan do Asuka Musashi cầm đầu
Donten ni Warau / Laughing Under the Clouds | Cloudy Laugh. Năm Meji thứ 11, thời đại mà đao gươm bị Chính phủ liệt vào danh sách hàng cấm và những võ sĩ samurai đang dần lu mờ. Tội phạm gia tăng và đất nước Nhật Bản đã xây dựng 1 nhà tù dành cho chúng. Và tại đây, 3 anh em nhà Kumo được giao nhiệm vụ áp giải những tên tội phạm đến “ ngôi nhà ” mới của chúng. Liệu…nhiệm vụ của họ chỉ có thế…?
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
Sau chiến tranh, những Extend tồn tại rất nhiều khắp đường phố, họ là những người đã bị biến đổi để trở thành một món vũ khí nguy hiểm. Inui Juuzou cũng là một Extend như thế. Anh không còn chút ký ức gì về cuộc sống trong quá khứ của mình, cũng không nhớ ai đã thay cái đầu của mình thành một khẩu súng khổng lồ.