Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu
Kể về một tương lai không xa, android giống con người bắt đầu lan rộng trên toàn thế giới. Các công ty sản xuất android SA Corp sản xuất Giftia, một thể loại mới của Android có cảm xúc và phẩm chất con người. Tuy nhiên, do các vấn đề về công nghệ, các android khi qua một khoảng thời gian nhất định sẽ không được giữ lại nữa
Yusuke Yotsuya là một học sinh lớp 9, sống thực tế, không thân thiện và không hề tham gia bất cứ hoạt động trong CLB nào. Đến một ngày nọ, cậu cùng hai người bạn nữ cùng lớp đã bất ngờ bị chuyển đến một thế giới khác, nơi mà họ phải hợp tác với nhau để chống chọi lại cuộc sống ở thế giới mới
Riki the Dark, một tạp chủng tại khu ổ chuột không có số ID và là thủ lĩnh của băng nhóm tên Bison và do đó được coi là thấp nhất trong những cấp thấp nhất, vào một ngày đã gặp Iason Mink, một Blondie thượng đẳng của Tanagura, người đàn ông có quyền lực nhất trong thành phố. Iason đã cứu cậu khỏi bị giết bởi một băng đảng khác và Riki đã cố gắng để trả món nợ của mình bằng cách hiến dâng cơ thể cho Iason. Thay vào đó, Iason làm cho cậu ta thành thú cưng của mình. Riki buộc phải rời khỏi các khu
Vào năm 2100, một dự án khám phá sức mạnh mới của năng lượng. Amami Kurau là con gái của nhà khoa học chính của dự án, và vào ngày sinh nhật lần thứ 12 của cô, cô đi cùng cha cô đến phòng thí nghiệm để theo dõi các thí nghiệm. Sau đó, Kurau bị 2 luồng ánh sáng đánh trúng và sở hữu những khả năng phi thường.