Khi Ryuuhei Oda còn học tiểu học, cậu rất ngưỡng mộ người anh trai tốt bụng của mình. Ryuuhei, người đã chứng kiến cái chết bí ẩn của anh trai mình, hiện là một học sinh vui tính. Một ngày nọ, khi đang tập kickboxing, anh ấy bị một sinh vật bí ẩn tên là Tris cắn và có một giấc mơ bất thường.
Ở Akihabara, khu vực mua sắm bị xâm chiếm bởi những sinh vật gọi là "Synthisters", chúng săn những người bảo vệ Akihabara để ăn năng lượng và sống sót. Kẻ thù "Synthisters" sẽ bị đánh bại khi tiếp xúc với ánh nắng mặt trời, vậy nên phải lột quần áo chúng.
Kindaichi có dáng vẻ của một cậu bé trung học lười biếng, ham chơi, luôn ngủ gật trong lớp, không khi nào làm bài tập. Chỉ có cô bạn gái thanh mai trúc mã Miyuki mới nhận định cậu là một thiên tài. Cùng với sự ủng hộ, tin tưởng của Miyuki, cậu đã giải quyết các vụ án ly kỳ xảy ra ở xung quanh.
Trong năm 2059, trái đất đã bị người ngoài hành tinh xâm nhập trong nhiều năm. Trong một nỗ lực để tìm hiểu thêm về những người ngoài hành tinh này, Tiến sĩ Noguchi và các trợ lý Maki Agata và Takuto Kaneshiro cố gắng hồi sinh một người ngoài hành tinh cơ học lớn tên là Frank.
Haruka đang cùng trải qua kỳ nghỉ hè cuối cùng trước khi lên cấp 3 với những người bạn thân Yuu, Atsuka, Takuya, Miho thì bỗng dưng cô gặp một người đàn ông tên là Karasu - kẻ tự nhận mình là Yuu trong tương lai – nơi mà toàn bộ sự sống được mã hóa trong một máy tính lượng tử khổng lồ. Haruka bị bắt cóc đến một Chiều không - thời gian Lacryma vì cô sở hữu khả năng chống lại Shangri-La - một đơn vị không - thời gian khác đang cố gắng nuốt tất cả các không - thời khác vào hư vô. Haruka và những