Một cơn gió giống như bệnh dịch thổi qua vùng đất cát khô cằn của Nhật Bản thời hậu tận thế. Khi nó quét qua người sống và người không sống, rỉ sét là tất cả những gì còn sót lại trong quá trình hoạt động của nó. Nguyên nhân của tình trạng thảm khốc của thế giới được cho là do bào tử nấm.
Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.
Câu chuyện diễn ra ở một thị trấn hư cấu, trong một quốc gia hư cấu, và trong một thế giới hư cấu nốt. Vào sáng ngày 1 tháng 8, nhân vật nữ chính tỉnh dậy và không còn nhớ mình là ai. Tất cả những gì còn lại là một chiếc DTDD với vài số lưu trữ và Orion, một tiểu tinh linh mà chỉ có cô mới có thể nhìn thấy. Với sự hướng dẫn của Orion, hành trình tìm lại ký ức bắt đầu cùng một người bạn trai không thể nhớ và ngàn lẻ một điều vụn vặt xung quanh tại quán cafe Meido no Hijutsu.
Anh đến từ châu Phi và chiến đấu sát cánh lãnh chúa phong kiến hùng mạnh trong thế kỷ 16 đầy bạo tàn ở Nhật Bản. Họ gọi anh là Samurai đen và anh trở thành huyền thoại.
Đầu tiên, một con tàu ngoài hành tinh kỳ lạ xuất hiện ở Tokyo, và sau đó một học sinh mới chuyển đến trường bí ẩn với một bộ đồng phục cổ điển. Tên của cậu là Muryou, và khi cậu ta đến, mọi thứ bắt đầu thay đổi.