Thuở xa xưa trước khi loài người xuất hiện. Có một chủng loài mạnh mẽ và tàn bạo đã làm chủ Trái Đất – loài quỷ. Lũ quỷ sống để chiến đấu và giết chóc. Nhưng thời kì thống trị của loài quỷ cũng chấm dứt. Kỉ băng hà đã chôn vùi bọn quỷ.
tại một cửa hàng đồ cổ tại khu mua sắm Teramachi Sanjou ở Kyoto; xoay quanh một anh chàng Kyoto đẹp trai và một cô nữ sinh cao trung. Một ngày nọ, cô nữ sinh Aoi Mashiro tình cờ gặp mặt Kiyotaka Yagashira - con trai của chủ tiệm, và cô trở thành nhân viên part-time tại nơi đó luôn.
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
3x3 Eyes là câu truyện kể về những cuộc phiêu lưu của Pai là một Sanjiyan Unkara sống sót cuối cùng, và một Wu mới của cô- một bạn đồng hành bất tử-Yakumo, họ quyết hi sinh để làm cho Pai trở thành một con người để mà cô có thể quên đi quá khứ. Yakumo thì có thể chết lần với lòng trung thành của mình để bảo vệ Pai và sẽ chết khi cô chết, vì họ gặp và chạm trán nhiều tay sai của con quỷ Kaiyanwang, tất cả điều đó nhằm giết Pai và để chuyển sức mạnh của cô vào hắn và hắn sẽ trở nên bất diệt
Ngày nọ, một cô nữ sinh cấp ba ngồi trong lớp học cùng những học sinh khác và giáo viên, đột ngột cả lớp bị cuộc chiến giữa Anh Hùng và Quỷ Vương ảnh hưởng khiến ai nấy đều chết. Linh hồn họ được chuyển về thế giới của Anh Hùng và Quỷ Vương, ai nấy đều sống một cuộc đời mới.