Trong thời kỳ loạn lạc cuối thời Mạc phủ Tokugawa, xuất hiện một sát thủ khiến thiên hạ đều phải khiếp sợ với danh xưng “Hitokiri Battousai”. Thời đại chuyển biến sang một trang sử mới, sát thủ lừng lẫy một thời cũng dần dần biến mất khỏi nhân gian và hắn cũng được thiên hạ mệnh danh là “Kẻ mạnh nhất” trong lịch sử.
The Bakumatsu was an era in which the souls of young men burned with anxiety for their countrys future. Takasugi Shinsaku, a soldier of fortune from Choshu, sneaks aboard a government ship with his comrade Katsura Kogorou in search of a mysterious "timepiece" with the power to manipulate time that he fears the government wishes to keep for themselves
nối tiếp sự kiện phần một, bộ phim Những chiến binh Bakugan 2 với tên gọi "Những chiến binh Bakugan 2: hành trình mới" kể về cuộc hành hành trình của Dan, Marucho, Shun và Dragon khi họ bị bỏ rơi ở New Vestroia, một hành tinh được lập ra hoàn toàn dành cho các Bakugan.
Một hôm Yachi Haruaki nhận được "quà" từ ba mình ở hải ngoại là 1 cái hộp bự tổ bố và rôì đêm đó, cậu đã phát hiện 1 cô gái "trần như nhộng" đang ăn vụng bánh gạo trong bếp nhà mình.
Shirahama Kenichi là một học sinh học lực trung bình và bị gán cho cái biệt danh "Funuken" vì luôn bị bắt nạt. Một ngày đẹp trời, đi học về cậu gặp Furinji Miu, cô nàng này đã tạo động lực cho Kenichi học võ và cậu quyết định theo học ở võ đường nơi Furinji sống. Ở đây, Kenichi giáp mặt với nhiều cao thủ với những thế mạnh ở các môn võ khác, và những ngày tháng yên bình của Kenichi đã... Liệu Kenichi có thể trở nên mạnh hơn?