Ngay sau khi xuất hiện vụ nổ xảy ra tại vùng vịnh Tokyo, nơi đang diễn ra cuộc họp các quan chức cấp cao. Ở hiện trường vụ án đã thấy bóng dáng của Tooru Amuro, "kẻ 3 mặt" ấy vừa là Zero trong Cục cảnh sát an ninh quốc gia, vừa là thám tử Rei Furuya, đồng thời cũng là Bourbon thuộc tổ chức áo đen.
Vào những năm thế kỉ thứ 19, một cậu bé tên Nello mồ côi khi lên 2 tuổi vì mẹ cậu mất đột ngột ở Ardennes, ông của cậu - Jehan Daas sống ở một ngôi làng nhỏ vùng Flanders, đã mang cậu bé về nuôi. Một ngày nọ, Nello tìm thấy một chú chó bị đánh tới suýt chết và đặt tên cho nó là Patrasche, nhờ sự chăm sóc của Jehan, Patrasche dần hồi phục, và kể từ đó chú chó cùng Nello luôn như hình với bóng. Vì cả nhà rất nghèo, nên Nello phải giúp ông mình bán sữa, Patrasche sáng nào cũng giúp Nello mang sữa
Câu chuyện diễn ra vào những năm 2138–43, thời điểm đó loài người đã có mặt trên khắp vài nghìn hệ sao. Một công ty được gọi là WWWA (hoặc 3WA) ra đời với nhiệm vụ giải quyết các vấn đề với quy mô lớn nhỏ khác nhau.
Kyuta, một cậu bé sống cộ độc và thường lang thang ở khu Shibuya. Một ngày nọ cậu tình cờ lọt vào một thế giới song song khác, nơi tồn tại những con thú khổng lồ có thể nói chuyện như loài người.
Houtaro Ichinose và những người bạn của anh ấy tiếp tục tìm kiếm các Chemies, còn Ace Ukiyo và những người bạn của anh ấy đối đầu với Jyamato, kẻ đã xuất hiện trở lại thì đột nhiên "Chemies cấp 10 mạnh nhất"