Bối cảnh câu chuyện vào năm 331 theo Lịch Quỹ Đạo, khi con người du canh du cư trên các Colony trong vũ trụ. Một cô gái tên Akiha Shishidou đã gặp phải một trí thông minh nhân tạo trong một Colony tên là Leopard.Cùng với Akiha còn có một cảnh sát liên Thuộc địa tên Itsuki Kannagi, một cô gái trầm lặng tên Honoka Kawai, và imo-chan một robot của nhà Shishidou.
câu chuyện kể về tương lai năm 2061 – thời điểm mà việc du hành vũ trụ đã được thương mại hóa. Một nhóm học sinh gồm 9 người của trường Trung học Caird đã bay vào không gian. Tuy nhiên, một sự cố đã khiến họ cách quê nhà đến 5012 năm ánh sáng. Với việc phát hiện ra một con tàu vũ trụ cũ, không người lái ở gần đó, những học sinh phải vận dụng mọi nguồn lực có hạn của mình để trở lại.
Đây là seri đầu tiên mở ra kỉ nguyên mới của vũ trụ (trong anime): Cosmic Era (CE). Đây là thời đại mà con người đã tạo ra được một thế hệ người biến gien - Coordinator. Họ mang trong mình những tố chất tuyệt vời mà con người mong muốn hằng bao thế kỉ: trí óc thông minh hơn, thể chất khỏe mạnh hơn... Nhờ đó, rất nhiều Coordinator đã dành được những vị trí danh giá trong xã hội, được nhiều người vị nể, kính trọng. Thế nhưng, đố kị lại là bản tính của con người. Những con người bình thường (được
bối cảnh một vùng của nước Nhật bấy giờ bị sa lầy trong những cuộc quản lí của những kẻ quyền lực độc ác,cuộc sống con người không được như ý của mình,bị thao túng và ức hiếp bởi thế lực siêu nhiên kia.
Một tựa game otome nhất định diễn ra trong Vương quốc Varschein, nơi mà tóc đen bị đánh đồng một cách không bình thường. Eumiella Dolkness là con gái của một bá tước, bị ghét bỏ ngay từ khi còn nhỏ do mái tóc đen huyền của mình - và cô ấy cũng chính là "hidden boss" (đối thủ mạnh mẽ nhưng ẩn dật) trong trò chơi!