Mười năm trước, nhà khoa học phản diện tiến sĩ Hell dẫn những người theo ác của mình, được gọi là Đế quốc ngầm, trong một cuộc đấu tranh để tiêu diệt tất cả nhân loại. Đó là chống lại các lực lượng mà anh hùng trẻ Kouji Kabuto đã chiến đấu, thí điểm siêu robot huyền thoại Mazinger Z
Trong một ngôi làng nhỏ dưới lòng đất, nơi mà các thông đạo và đường hầm ở khắp mọi nơi. Ngay cả với không gian sống chật hẹp và tối tăm như vậy, người dân ở đây vẫn sống rất vui vẻ. Patema, cô công chúa nhỏ của ngôi làng dưới lòng đất có sở thích khám phá các đường hầm. Nơi ưa thích của cô là "vùng nguy hiểm" nơi đã có lệnh cấm vào (dù chẳng ai biết tại sao).
Câu chuyện về Rune Balot tiếp tục trong movie thứ hai của bộ ba phim Mardock Scramble. Kể từ movie thứ nhất được phát hành năm 2010, movie thứ hai này trở lại và lợi hại hơn với hình ảnh đẹp hơn và tiết lộ nhiều hơn so với phần trước. Bắt đầu là Rune và người đồng hành đáng tin cậy Oeufcoque bị Boiled – nhân vật phản diện – dồn vào chân tường.
Câu chuyện diễn ra trong thời điểm thế giới đang trong hố sâu tuyệt vọng khi bị tàn phá bởi chất độc gọi là "Shinobi", đến Trái Đất qua một thiên thạch. Mọi người rời đến nơi gọi là "Kairiku", đã từng là đáy đại dương. Ở đó, mọi người cố gắng bảo vệ họ khỏi ảnh hưởng của chất độc. Trong một thế giới như vậy, có một tia sáng hy vọng nhỏ nhoi. Đó là Vũ khí Thần thánh Giga Road và chiến binh huyền thoại Yagyuu.
Một ngày nọ, một chiếc gương trong phòng của Kokoro đột nhiên bắt đầu sáng lên trước mắt cô, vì cô đã mất chỗ ở trường và bị giam giữ trong phòng của mình. Cô bước qua tấm gương sáng để tìm một tòa nhà bí ẩn giống như lâu đài. Có bảy người ở trong hoàn cảnh tương tự như Kokoro.