câu chuyện của phần trước về nhân vật Pokemon Lugia trong truyền thuyết & sự gặp gỡ tình cờ của 5 huấn luyện viên Pokemon khi tham gia vào lễ hội Gió linh thiêng tại thành phố Fury. Theo phong tục, vào ngày cuối cùng của lễ hội, Pokemon Lugia sẽ ban phước lành cho người dân.
một cô gái có tên là Akane, cô là một người rất nhút nhát, đặc biệt cô luôn tự tin vào bản thân của mình. Vào một ngày đẹp trời, hôm đó cũng là lúc mà Akane đang tất bận chuẩn bị cho sinh nhật của mình, thù cô lại bắt gặp một giả kim thuật sư, ông ta tự sưng tên là Hippocrates và đồ đệ Pipo. Cả hai kể với cô rằng họ đang thực hiện nhiệm vụ giải cứu thế giới.
Nightmare muốn thống trị thế giới bằng cách vượt qua bức tường Dream Dimension, và biến những con người ở Dream Dimension thành những con quái vật. Liệu Tiến sĩ Strange, Hulk và chỉ huy Howling có thể chống lại được hắn không?
Hàng triệu năm trước khi bóng tối còn bao phủ thế giới một vị thánh đã xuất hiện và đem ánh sáng đến cho con người tên vị thánh đó là Shepherd. Đánh tan bóng tối là cũng là lúc vị anh hùng đó biến mất như không, người đời dường như quên rằng ánh sáng có được do đâu. Cho đến thời đại về sau, hòa bình bắt đầu không còn nữa chiến tranh liên tiếp xảy ra
Câu truyện được bắt đầu bằng giấc mơ làm hiệp sĩ của Nôbita và cũng chính vì mải mơ mộng nên sáng hôm sau cậu đã bị muộn học. Và rồi vào 1 buổi sáng sớm tới trường Nôbita nhớ ra là cậu chưa làm bài tập nên đã chạy lên ngọn núi sau trường để hoàn thành nốt nhưng Nôbita không thể nào làm được. Rồi 1 ông lão xuất hiện với bộ mặt giống 1 con vẹt, ông ta cho Nôbita ăn trái trí tuệ để cậu có thể làm xong được bài tập của mình.