câu chuyện được tiếp diễn Shuurei cần để đối phó với những trở ngại hơn trong bộ phim mới. Hơn nữa sự nguy hiểm đi theo cách của mình, nhưng tại cùng một thời gian cuộc họp bạn bè, những người sẽ giúp cô ấy với công việc của mình như một quan chức.
Một quái vật khổng lồ từ thế giới song song tìm đấu sĩ chiến hữu mạnh mẽ nhất Trái Đất và cảnh báo hiểm họa đáng sợ nhất sắp xảy ra. Lúc này, một kẻ nắm trong tay quyền kiểm soát hàng trăm quái thú âm mưu nuốt trọn địa cầu buộc cậu bé Gaou và các đồng đội phải dấn thân vào các cuộc quyết đấu trước các tấm thẻ bài quái vật hiếm đầy uy lực
Câu chuyện chính bám theo sự trưởng thành và tiến bộ của Naruto và bạn cậu khi làm ninja, và nhấn mạnh mối quan hệ giữa họ và sự ảnh hưởng của quá khứ đến tính cách họ. Naruto tìm được hai người bạn đồng hành cùng là Uchiha Sasuke và Haruno Sakura, cuộc phiêu lưu bắt đầu.
Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
Naruto đã đạt ước nguyện của mình trở thành Hokaghe và kết hôn cùng Hinata sau đó có 2 đứa con Tên là Boruto và Himawari thế là Một thế hệ mới của Ninja đã sẵn sàng để có những giai đoạn mới nối tiếp Phần thứ 2 Naruto Shippuuden